Nommé par dahir parmi les personnalités jouissant d’une expérience professionnelle avérée dans les domaines du droit, de la gestion administrative et financière, le Secrétaire Général de l’Instance supervise, sous l’autorité du Président, l’administration de l’Instance, dont l'organisation et les attributions sont définies par le règlement intérieur de l’Instance.

Le Secrétaire Général assiste le Président de l’Instance dans l’accomplissement de ses missions. A ce titre, et sous l'autorité du Président, il veille au bon fonctionnement de l'administration de l’Instance et à la coordination des activités de ses services, œuvre à la tenue de ses documents et veille à leur conservation, et assure le Secrétariat du Conseil de l’Instance.